Факультет агробизнеса:

• Повышение эффективности использования средств химизации при разработке современных технологий возделывания сельскохозяйственных культур в условиях Северо-Западного региона России
• Формирование эколого-экономической модели биотехнологического сельскохозяйственного комплекса на основе разработки природоохранных энергосберегающих технологий производства продукции растениеводства, ее переработки и утилизации отходов с учетом методов регулирования микробиологических процессов сельскохозяйственного производства и способов управления агроэкосистемами.

• Повышение экологической устойчивости и продуктивности агрофитоценозов в адаптивном земледелии Костромской области/
• Разработка теоретических и методологических основ управления фитосанитарным состоянием агроценозов, создание интегрированных систем защиты растений от особо опасных вредных организмов.
• История культуры XIX-XX веков.

• Разработка и освоение зональных интенсивных ресурсосберегающих технологии возделывания, уборки и первичной обработки льна-долгунца и зерновых культур в Российской Федерации на основе создания и применения новых комплексно-устойчивых высококачественных сортов, новейших средств механизации и автоматизации.

• Социально-политическая история России в XIX- XXI  веке.

Архитектурно- строительный факультет:

• Комплексное обеспечение строительства сельскохозяйственных, производственных, жилых, общественных и других зданий и сооружений на основе разработки и применения качественно новых технических решений с использованием новых эффективных конструкций, изделий и материалов.
• Повышение долговечности элементов и деталей строительных конструкций.
• Современные проблемы развития искусства и архитектуры Костромского региона; Методы оптимизации обучения архитектурной специализации;
• Региональный исторический аспект развития искусства и архитектуры;
• Кадры АПК;
• Механика твердого деформированного тела.

Факультет ветеринарной медицины и зоотехнии:

• Морфологические и генетические аспекты устойчивости млекопитающих к болезням.
• Морфология молочной железы у млекопитающих животных.
• Ветеринарно-санитарная экспертиза продуктов растительного и животного происхождения.
• Диагностика, лечение и профилактика незаразных болезней животных.
• Адаптационно-иммунные процессы в организме животных при незаразных заболеваниях.
• Совершенствование породно-продуктивных качеств крупного рогатого скота для интенсивного его использования.
• Совершенствование породно-продуктивных качеств лошадей
• Качественная характеристика кормов для сельскохозяйственных животных и птиц.
• Совершенствование породно-продуктивных качеств овец романовской породы в условиях Костромской области
• Технология производства продукции животноводства в условиях сельскохозяйственных предприятий различных регионов
• Продуктивно-биологические особенности кроликов, выращиваемых  по акселерационному способу в Костромской области
• Совершенствование породно-продуктивных качеств собак
• Разработка перспективных планов селекционно-племенной работы
• Разработка эффективных методов использования лошадей.
• Разработка способов повышения естественной резистентности, методов специфической профилактики и терапии инфекционных болезней сельскохозяйственных животных, пушных зверей и птиц на основе применения иммуностимуляторов и других биологических активных веществ.
• Особенности экологии малого прудовика и эпизоотологическая роль различных его биотопов.
• Особенности функционирования паразитарных систем и эпизоотологический мониторинг. Эпизоотологический мониторинг при паразитарных болезнях животных и человека.
• Особенности биохимических, морфологических, гемостатических и реологических показателей крови при адаптации сельскохозяйственных животных.

Инженерно-технологический факультет:

• Совершенствование технологических процессов и средств механизации в животноводстве и растениеводстве».
• Разработка научных механико-технологических основ создания техники новых поколений, технического обеспечения АПК в условиях различных форм собственности и рыночных отношений.
• Повышение эксплуатационной надежности автотракторной техники.
• Повышение экологических и экономических показателей автотракторных двигателей.
• Безопасность технологических процессов в АПК.
• Разработка комплекса мер по повышению энергоэффективности систем теплоснабжения области.
• Переработка органических отходов.
• Совершенствование костромской породы крупного рогатого скота.
• Расширение и совершенствование биологического разнообразия сельскохозяйственных культур на Северо-Востоке России.
• Организационно-экономические проблемы развития рынка технического сервиса в региональном АПК.
• Повышение экономической эффективности предприятий АПК и развитие сельских территорий.
• Психология и педагогика.

Экономический факультет:

• Адаптация бухгалтерского учета и аудита в современных экономических условиях хозяйствующих субъектов Костромской области и  анализ их деятельности.
• Проблемы развития менеджмента в условиях рынка.
• Финансово-кредитное обеспечение АПК Костромской области.
• Повышение эффективности и совершенствование хозяйственного механизма АПК Костромской области.
• Информационное обеспечение агропромышленного комплекса Центрального района Российской Федерации. 

Электроэнергетический факультет:

• Совершенствование методики преподавания иностранных языков в сельскохозяйственном вузе: интенсификация процесса обучения иностранному языку.
• Оптимизация параметров и режимов электрических сетей.
• Электроэнергетика.
• Автоматизация технологических процессов.
• Электротехнологии и электрооборудование в сельском хозяйстве.
• Физика.
• Биофизика.
• Педагогика.
• Разработка и исследование технических средств электрификации и автоматизации технологических процессов с.х. производства.
• Повышение эффективности работы систем электроснабжения и потребителей в сельском хозяйстве.