Решением Верховного Суда Российской Федерации от 14 февраля 2003 года признаны террористическими и запрещена деятельность на территории Российской Федерации следующих организаций:

«Высший военный Маджлисуль Шура Объединенных сил моджахедов Кавказа»,

«Конгресс народов Ичкерии и Дагестана»,

«База» («Аль-Каида»),

«Асбат аль-Ансар»,

«Священная война» («Аль-Джихад» или «Египетский исламский джихад»),

«Исламская группа» («Аль-Гамаа аль-Исламия»),

«Братья-мусульмане» («Аль-Ихван аль-Муслимун»),

«Партия исламского освобождения» («Хизб ут-Тахрир аль-Ислами»),

«Лашкар-И-Тайба»,

«Исламская группа» («Джамаат-и-Ислами»),

«Движение Талибан»,

«Исламская партия Туркестана» (бывшее «Исламское движение Узбекистана»),

«Общество социальных реформ» («Джамият аль-Ислах аль-Иджтимаи»),

«Общество возрождения исламского наследия» («Джамият Ихья ат-Тураз аль-Ислами»),

«Дом двух святых» («Аль-Харамейн»)

Решением Верховного Суда Российской Федерации от 2 июня 2006 года признаны террористическими и запрещена деятельность на территории Российской Федерации следующих организаций:

«Джунд аш-Шам»

«Исламский джихад - Джамаат моджахедов»

Решением Верховного Суда Российской Федерации от 13 ноября 2008 года признаны террористическими и запрещена деятельность на территории Российской Федерации следующих организаций:

«Аль-Каида в странах исламского Магриба» (прежнее название - «Салафистская группа проповеди и джихада»)

Решением Верховного Суда Российской Федерации от 08 февраля 2010 года признана террористической и запрещена  деятельность на территории Российской Федерации международной организации:

«Имарат Кавказ» («Кавказский Эмират»).