В академии уделяется большое внимание не только физическому, но и духовному здоровью молодежи. Духовно-нравственное воспитание в КГСХА является одним из приоритетных направлений деятельности. В главном корпусе академии функционирует часовня в честь святых равноапостольных Кирилла и Мефодия, просветителей славян. Здесь проходят еженедельные службы, праздничные молебны, в том числе в честь святой мученицы Татьяны - небесной покровительницы российского студенчества. В рамках факультативов организовано чтение лекций по курсу «История православия», «История религий». Ежегодно на протяжении 7 лет при поддержке Костромской Епархии и Департамента образования и науки в академии проходят научно-практические конференции, посвящённые памяти святых равноапостольных Кирилла и Мефодия, приуроченные к Дню славянской письменности и культуры.

 В рамках кураторских часов со студентами проходят беседы на темы нравственного воспитания молодёжи. Нравственно — эстетическому воспитанию студентов способствуют концерты профессиональных коллективов, систематически организуемые в академии: Джаз — квартета под управлением М. Журакова, оркестра народных инструментов под управлением В. Сорожкина, симфонического оркестра под руководством П. Гернштейна и др. Ежегодно более 1800 билетов Костромского государственного драматического театра им. А.Н. Островского приобретает академия для студентов. При кафедре истории и культурологии активно работает Клуб любителей театра, которым руководит зав. кафедрой Т.А. Соколова. В рамках клуба организуются посещение и обсуждение спектаклей, встречи с актёрами. Актёры театра А. Кирпичев, Э. Очаговия, В. Гостищев, Д. Рябов, А. Земскова, С. Чайка, И. Поляков, режиссёры С. Морозов и С. Кузьмич за годы сотрудничества стали друзьями академии.

Три года работает Клуб эстетического развития (рук. О. Янковская). Для студентов это интересный рассказ о прекрасном и встречи с профессиональными поэтами, артистами, музыкантами на самые разные темы: «Гори, гори, моя звезда» (об истории создания русского романса), «Давай пожмём друг другу руки..» (музыка — ретро в исполнении скрипки, трубы, саксофона, тромбона), «Посвящается женщинам» (музыкально-поэтическая композиция, включающая лучшие классические произведения поэзии и музыки о любви) и т.п. Чтобы знать вкусы студенческой аудитории, а также проследить их отношение к происходящему в рамках клуба, руководитель проводит мониторинг мнения студентов о различных музыкальных стилях, произведениях, телевизионных музыкальных программах, журналах и т. д.