Одним из приоритетных направлений воспитательной деятельности является развитие студенческого самоуправления. На протяжении 5 лет проводятся выездные трёхдневные лагеря — тренинги «Точка роста» (традиционно в ноябре месяце) и Форумы студентов и преподавателей КГСХА. Их целью являются развитие студенческой инициативы, выявление и обучение студенческих лидеров, развитие студенческих общественных объединений, разработка и внедрение механизма социального партнёрства между преподавателями и студентами, разработка инновационных проектов, ориентированных на организацию внеучебного времени студентов. С 2009 года семинар расширил рамки своей географии и стал межрегиональным. На предложение поучаствовать в таком проекте откликнулись Санкт — Петербургская государственная академия ветеринарной медицины, Ивановская сельскохозяйственная академия и Йошкара — Алинский аграрный университет. Групповые дискуссии и обсуждения, деловые игры, работа в проектных и креативных группах, круглые столы. Всё это способствует созданию новых идей и проектов, которые студенты реализуют, вернувшись в академию.

Стало традиционным проведение вузовского конкурса «Студент года КГСХА», в котором участвуют студенты всех факультетов, а победитель представляет академию на областном конкурсе с одноимённым названием. Студенты — участники конкурса проходят целый ряд испытаний, среди которых и «Самопрезентация», и участие в дискуссионном клубе, и защита своих социальных проектов, и конкурс — экспромт. Кроме того, учитывается средний балл по успеваемости и количество наград за участие в научной работе, спортивной, культурно-массовой и т.д. Победители вузовского конкурса достойно представляют КГСХА областном «Студенте года» уже 7 лет занимая призовые места.

Три года академия принимает активное участие в молодёжном образовательном форуме «Патриот», который был инициирован администрацией Костромской области, ежегодно расширяя свои границы, принимая молодёжь из других регионов. Студенты готовят свои проекты по таким направлениям. Как: энергетика, социальная сфера, АПК, инфраструктура, жильё, лесопромышленный комплекс, духовно-нравственная сфера. Форум проводится дважды в году и в нём принимает участие от 60 до 100 человек.

Студенческий актив совместно с администрацией проводит мероприятия, способствующие активизации деятельности студентов по организации своей жизнедеятельности в академии и общежитиях. Так, состоялись круглые столы «Общежитие — наш дом или?..» с присутствием всех заинтересованных сторон: руководства академии, студентов, проживающих в академии, комендантов; акция «Прямой вопрос», когда в специально подготовленные ящики студенты могли опустить листок с интересующим их вопросом, а затем на встрече с ректором, где, кроме студентов, присутствовали также деканы, проректоры, другие должностные лица, отвечающие за различные сферы деятельности, все присутствующие могли получить ответы на интересующие их вопросы.

Уже много лет существует отряд охраны порядка из числа студентов, который контролирует порядок при проведении массовых мероприятий в академии и учебном городке, совместно со студенческим советом осуществляет проверки в общежитиях.

Студенты академии входят в Молодёжные советы при администрации Костромского района, при администрации г. Костромы, при областной Думе.