Основным организационно-функциональным звеном в системе оздоровительной и спортивно-массовой работы  академии является кафедра физического воспитания и спорта, которая взаимодействует со спортивным клубом КГСХА.

В академии культивируются такие виды спорта как: лыжные гонки, легкая атлетика, зимний и летний полиатлон, волейбол, баскетбол, гиревой спорт, пауэрлифтинг (силовое троеборье), армреслинг (борьба на руках), футбол, настольный теннис, шахматы, дартс, туризм. В спортивных секциях ежегодно занимаются около 300 студентов. Наибольшие достижения спортсмены КГСХА имеют в гиревом спорте (тренер М.Ф. Антонов), полиатлоне (тренеры О.Н. Токмакова, Ю.И. Якунин), пауэрлифтинге (тренер А.Н. Зинцов).

Каждый год  проводится Спартакиада среди студентов, программа которой включает от 9 до 12 видов спорта. Организуются соревнования среди сотрудников академии по лыжным гонкам, стрельбе, волейболу, баскетболу, шахматам.

В течение каждого учебного года спортсмены академии участвуют более чем в 60 соревнованиях различного уровня по разным видам спорта. Среди наиболее значимых:

Чемпионат Мира и Европы по гиревому спорту;

Чемпионаты России по зимнему и летнему полиатлону, пауэрлифтингу и гиревому спорту;

Зональные и финальные соревнования Универсиады вузов Минсельхоза России;

Всероссийские соревнования по национальным видам спорта;

Зимние и летние спортивные игры на призы губернатора Костромской области;

Межрегиональные турниры по игровым видам спорта

За последние 5 лет тренерами академии были подготовлены: 1 мастер спорта международного класса, 18 мастеров спорта России, 30 кандидатов в мастера спорта, более 50 спортсменов 1-го разряда и около 300 спортсменов массовых разрядов.

По итогам развития физической культуры и спорта среди вузов области в 2007 и  2008 годах академия дважды занимает 2 место.